Эволюция живых существ может быть понята только в контексте геологического времени.
Прежде чем рассматривать основные организмы, обитающие в воде и способные мешать процессу ее обработки, полезно напомнить основы классификации живых организмов, чтобы иметь возможность без особого труда правильно определять их принадлежность к той или иной систематической группе.
Существуют три царства: царство бактерий, царство животных, царство растений; место первого из них — самая нижняя граница двух других. Вирусы — большие молекулы нуклеиновой кислоты в комбинации с белком — стоят на грани между живой и неживой природой. Они образуют свой собственный мир, совершенно отличный от «клеточной» жизни, представленной тремя уже упомянутыми царствами.
В приведенных ниже для каждого царства упрощенных таблицах упомянуты только некоторые подразделения (раздел, класс, порядок, семейство и род) и рассмотрены исключительно те группы организмов, которые обитают в водной среде. С целью иллюстрации для каждого порядка, семейства и рода приведено лишь несколько отдельных примеров. Более детальные сведения можно найти в подразделах по бактериологии и изучению планктона.
К царству бактерий принадлежат одноклеточные микроскопические организмы, одиночные или колониальные. Многие характерные признаки отличают их от организмов двух других царств, в частности бактерии являются прокариотами (не имеют ядерной оболочки); по этому признаку они сходны с Суапоphyceae (см. далее «прокариотические протисты»).
Это царство начинается с одноклеточных животных, среди которых множество паразитических форм (среди флагеллят только порядки Polymastiginae и Diplomonadinae включают свободно живущие формы, Sporozoa — все паразиты).
Много простейших находится в планктоне и фауне активного ила. Значение и роль, которую они играют в этих сообществах, чрезвычайно велики.